礼科都给事王三余、御史何倬、钟化民、王慎德又先后进奏立储神宗
礼科都给事王三余、御史何倬、钟化民、王慎德又先后进奏立储。神宗不予理睬。辅弼大臣也奏请建储封王，神宗照旧敷衍。山西道御史陈登云奏请册立东宫，并请将骄横的郑承宪立即治罪。神宗连看都不看。这样，建储之议又拖了四年。时光推衍到了万历十八年正月，神宗临御毓德宫，召辅臣申时行、许国、王锡爵、王家屏于西室，询问册立东宫事宜。神宗知道辅臣的意思，坐定以后，便迟疑地说：“朕知之，朕无嫡子，长幼自有定序。郑妃亦再三陈请，恐外间有疑。但长子犹弱，欲俟其壮大使出。”辅臣立即伏地进奏，说：“皇长子年已九龄，蒙养豫教，正在今日。”神宗默然颔首。
这一次西室会见，辅臣们似乎略约宽心。申时行眉头舒展，一行阁老迈着稳健的步履行走在间有彩画的朱漆游廊中，匆匆浏览着廊外的景致。这时，随着一阵急促的脚步声，司礼监太监奔行了过来，叫住了阁老们，传旨：“已令人宣皇子来，与先生一见。”身为辅臣的阁老们听到宣旨，大喜过望，觉得国本之争似乎可以结束了，储位确定大概十有八九。
申时行等回到宫内。一会儿后，皇长子朱常洛、皇三子朱常洵带到，随着太监走到御榻前，拜见神宗。然后，皇长子立在榻右，神宗牵着他的手，向明正立，好让侍立在旁的辅臣们看。辅臣们注视良久，诚恳地进奏说：“皇长子龙姿凤表，岐嶷非凡，仰见皇上昌后之仁。”神宗听后很欣慰，欢愉地说：“这是祖宗德泽，圣母恩庇，我哪里敢当。”辅臣们趁热打铁，说皇长子春秋已长，应择师读书。并说皇上正位东宫时，年主六岁，却已读书，皇长子这时教读已经是太晚了。神宗无限感叹，说他是五岁就能读书。接着神宗顺手指指皇三子，说这儿也已五岁了，却还离不了乳母。说罢，神宗拉过皇长子，引到膝前，注视抚摩叹惜良久。辅臣们被这一幕父子深情感动了，忙跪伏叩头说：“有此美玉，何不早加琢磨，使之成器？”神宗点着头，欣然地说：“我知道。”申时行等也欣然地跪拜辞出。
西室感人至深的情景令朝臣们激动。朝廷百官欢欣鼓舞，并准备着长子的册典，似乎国本之争已经到此结束。然而，春花凋谢，秋叶飘零，还是没有册立太子的圣旨。大臣们由热望到失望，欢快的心情也随着春花凋谢，秋叶飘摇，心中只剩一片萧瑟。吏部尚书朱、礼部尚书于慎行再也耐不住了，于是，在这一年的十月，率领群臣郑重其事合疏上奏，请求册立太子。国本之争又一次掀起。神宗见奏以后，勃然大怒，下旨将朱、于两位尚书和全体上奏官员夺俸！辅臣申时行迷惑不解，又对此痛心疾首，觉得自己再也无颜立身阁老了，便引疾乞休。大臣王家屏等急忙出面调解。神宗这才消了一些怒气，拿出郑国泰的请求册立疏，对辅臣们说：“明年册立东宫，如果再有奏扰，就到十五岁再谈册立！”圣旨确立次年册立，群臣们自感有个盼头，谁也不会再从中生事，进奏骚扰。到了第二年十月，平静了整整一年的宫廷又一次活跃开了。万历十九年十月，工部主事张有德率先进奏，请备东宫仪仗。首辅申时行忧心忡忡，次辅许国感叹地说：“小臣尚以建储奏请，我辈不一言可乎？”于是连名具疏，首辅申时行列名榜首。知道以后，连忙写了一份密揭：“臣已在告，同官疏列臣名，臣不知也。”明代宫中规定，阁臣密揭只能由皇上拆看，看后留中。但这份密揭和合议疏却不是以特件送入后宫，而是和诸疏同发，结果密揭为朝臣所知。礼科罗大就上疏痛斥申时行迎合上意，以固辅位。武英中书黄正宾等也上疏弹劾。神宗气血上涌，吩咐杖责黄正宾，将罗大削籍。神宗和百官又一次势同水火，闹腾得不可开交。辅臣王家屏再次充当和事佬，奏请明年再议建储。但没有结果。
万历二十年正月，礼科都给事李献可疏请豫教皇长子。圣旨李献可削籍。大学士王家屏具揭申救，封还御批。神宗大怒，再申前旨。给事钟羽正、舒弘绪、陈尚象等交章申救，结果都被削籍或贬调。科臣孟养浩最后一个上疏，削籍之外又加杖一百，打得昏死过去。大学士王家屏乞求休归。神宗允准。吏部主事顾宪成、章嘉祯等认为王家屏为人忠爱、不宜废置，应立即召回。神宗发怒，令顾宪成削籍，章嘉祯谪调罗定州州判。
国本之争已然非常明朗，神宗为了爱妃及其爱子，宁愿与朝廷百官对抗到底。而忠爱执著的百官们崇尚风骨和气节，他们宁愿为礼义尽忠，也决不能容忍皇上以私害公。宫廷、朝廷于是笼罩在国本之争的沉沉阴云之中。多情的神宗和他深爱的郑妃及其爱子也深受困扰。皇后为国事、家事思虑着。王妃和皇长子迷惑。郑妃品味着皇上的恩爱，谋划着自己和儿子的前途。后宫疑云四布。
万历二十一年正月，辅臣王锡爵归省还朝，密疏神宗，奏请册建东宫，奏得恭敬而委宛。神宗答复说，他本来有今春册立之旨，但近期读了《皇明祖训》，上称立嫡不立庶，皇后尚还年少，如果册立东宫，皇后又复出，岂不是国有二储？今将之皇子并封为王，几年后皇后如果还是无出，再行册立。王锡爵连忙力争说，当年汉明帝取宫人贾氏的儿子，让马皇后收养；唐玄宗取杨良媛的儿子，让王皇后收养；宋真宗刘皇后取李宸妃的儿子，自己收养，最后都继承大统。“与其旷日迟久，待将来未定之天，孰若酌古准今，成目下两全之美？臣谨遵谕，并拟传帖二道以凭彩择。然尚望皇上三思臣言，俯从后议，以全恩义，服人心。”神宗不理会这些，依旧重申前旨。
国本之争就这样又相持了五年。万历二十六年五月，吏料给事戴士衡、全椒知县樊玉衡因指斥吕坤的《闺范图志》，被削籍戍边。国本之争进入白热化。吕坤是由西按察使，他编辑了一部《闺范图志》。郑国泰看到后，觉得很好，能迎合皇上和郑贵妃。于是，郑国泰将《闺范图志》重刻，补上了后妃部分，首列汉明德皇后，最后是当今的郑贵妃。《闺范图志》面世以后，不胫而走，无疑在这国本之争的时候火上浇油。科臣戴士衡立即上奏，指斥吕坤迎合后宫，奏中语侵郑妃，菀枯之形已分。樊玉衡作为全椒知县，也参与到这场争论之中，上疏竟称，“皇上不慈，皇长子不孝，皇贵妃不智，”简直目无圣上和贵妃，全乱了套。
郑贵妃坐镇后宫，耳目很多。她得知戴、樊二人的进奏，泪如滚珠，在神宗面前哭诉。神宗哪里受得了这个？立即下旨，将戴、樊二人治罪，一同削籍戍边。郑贵妃这才稍觉欣慰。吕坤、郑国泰等也约略松了一口气。
